[megaloman]

Код:

@Echo Off
cls
Set "BoxIn=Z:\Box_In"
Set "Spisok=Z:\Soft_In\Files.txt"

FOR /F "usebackq delims=" %%i IN ("%Spisok%") DO (
	If Exist "%BoxIn%\*%%~xi" (
		Md %%~dpi 2>nul 
		Copy "%BoxIn%\*%%~xi" "%%i" >nul 2>&1
	) else (
		Echo %%~xi files not found
	)
)
pause

В Z:\Box_In ваши файлы
xxx.vp
yyy.cfg
www.rd
ttt.txt
eee.rw
vvv.rs
ooo.sr
aaa.cr
В Z:\Soft_In\Files.txt список файлов с путями
Если в списке есть поминание файлов с расширениями, которых нет, расширения отобразятся.
Пути пропишИте свои