[x0r]

положение у консольного окна(и вообще всё что с ним связано: цвета, размеры, буферы и проч.) берется из реестра HKEY_CURRENT_USER\Console
там создаются разделы для других програм консольных с персональными значениями(если ты настраивал окно, например в Far). Общие лежат в корне.
Порядок стандартный: если есть настр-ки для программы - беруццо они; если нету - беруццо из общего раздела; если нету и там - по дефолту(откуда хз.)
может и есть какие спец.комманды чтоб сместить окно консоли изнутри, типа color 9f , только я хз.