[Angry Demon]

на втором диске, где нет загрузчика нажать удалить зеркало]

Да.

а потом обратно его ввести?

А потом сделать так, как надо:

отзеркальте диски

Просто ни когда раньше ни когда дел не имел с программными RAID

Тогда сначала учим матчасть:
Windows Server. Настраиваем программный RAID

Ещё совет (чтоб не было потом мучительно больно): делать на RAID-массиве один том. Если сделаете по-другому, то такая "отказоустойчивость" выйдет боком: в случае какого-либо сбоя после загрузки компьютера ресинхрон запустится одновременно на всех томах. Диски будут получать потоки конкурирующих команд в нескольких областях, их механика будет изнашиваться катастрофически, быстродействие упадёт в десятки раз.

И, кстати, вы уверены, что на сервевре нет RAID-контроллера, даже самого заштатного набортного Intel Rapid Storage?