[mwz]

Что переустановка ОС не затрагивала остальные данные? »

А какая связь между установкой системы на один физический винчестер и информацией на разделах двух других винчестеров??

Сделал. Ещё бы понять, что я должен был увидеть »

Вы увидели, что раздел "Зарезервировано системой" существует, и что он активный. Т.е. сейчас всё нормально, в отличие от скриншота, что вы приводили чуть выше,

Выглядит это дело вот так. »

где раздела "Зарезервировано системой" не было. Поскольку вы его должны были увидеть если бы он существовал — вот только что сделанный снимок экрана установщика Win7, система стоит на "Диск1" (предупреждая лишние вопросы: Диск0 — это GPT-диск объёмом 4ТБ для данных, разбитый на два раздела).

При следующей переустановки при форматировании этого диска, этот раздел, получается снова пропадёт?

А нафига его вообще форматировать?? При установке вВыбираете метод "Установить новую", указываете тот раздел, куда ставить (т.е. не "Зарезервировано системой"!), и поехали.

При этом в "Зарезервировано системой" ляжет уточнённая информация, а старая система переедет в папку "Windows.old", которую затем удалите сами (кстати, из неё возможно что будет иметь смысл сначала вернуть некоторые пользовательские файлы) — лучше всего через "Очистку диска". Ну и удалите или оставите (как вам лучше) те папки, что сами насоздавали в корне диска C:

Вот такая каша сейчас творится

Не вижу каши.