[Jodran]

Дело в том что в данный момент я эксплуатирую SMS 2.0 (SP5), поэтому в моих ответах могут быть неточности. Но в своё время осуществил в домашней сети (конфигурация аналогичная вашей), переход на SMS 2003 и убедился в том, что в механизмах работы координальных отличий нет. В данный момент готовлю переход на SMS 2003 в корпоративной среде, поэтому ваш опыт эксплуатации данной системы будет для меня бесценен.
Ответ на вопрос: Дело в том что SMS Server осуществляет "первоначальный" доступ к клиентским системам с помощью учетной записи SMSService, которая создается при установке первичного узла центрального сайта. Эта запись способна заменить практически любую учетную запись SMS. Кроме того, SMS задействует эту учетную запись, если запись системы узла на способна получить доступ к CAP, сервер узла попытается подключиться к ней с помощью учетной записи SMS Service. Поэтому учетная запись SMS Service должна иметь следующие харатеристики:
1) Входит в локальную группу Administrators;
2) Входит в глобальную группу Domain Admins;
3) Входит в группу Domain Users;
4) Обладает привилегией Log on as service;
5) Обладает привилегией Act as part of the operation system;
Так что советую проверить на всех узлах сайта выполнение этих условий.