Проблема решена.
Выкладываю на всеобщее обозрение поскольку думаю может быть полезным.
Я сделал так:
1)сделал нужный конфиг в котором настроил необходимую частоту и разрешение;
2)сохранил его в /etc/X11/XF86Config.tft
3)после логина нужного юзера задаем переменную окружения
export XF86CONFIG=XF86config.tft
4)далее иксы берут нужный конфиг
