[Iska]

Мне удобнее было бы не удалять строчки, а отключать. »

Как я Вас понимаю . Но увы, фокус не удастся. Максимум, что Вы можете сделать — формировать командную строку отдельно, наподобие:

Скрытый текст

Код:

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion

set sArguments=

rem Начало обрезки:
set sArguments=%sArguments% -ss 00:08:38

rem Продолжительность обрезки:
set sArguments=%sArguments% -t 00:05:00

for %%a in (*.mkv;*.mp4;*.wmv) do (
	ffmpeg.exe ^
		-i "%%~a" ^
		-c:v copy ^
		-c:a copy ^
		%sArguments% ^
		"fix\%%~na.mkv"
)

endlocal
exit /b 0

и при нужде Вы просто комментируете/раскомментируете тот или иной аргумент.

P.S. Может, Вам проще будет взять одну из многочисленных GUI-оболочек для ffmpeg.exe и не мучаться, не?!