[Казбек]

teapot08,

Первое, что нужно сделать, это точно определить, эта ли программа меняет настройки. Вы как определяли??
Второе, если в исполняемом коде заложена функция изменения этого значение реестра то:

1) зачем-то это организовано, то есть, от возможных связанных с этим багов в функционале программы вы не застрахованы;
2) можно изменить разрешения на редактирования необходимых ключей в реестре, но делаться это будет глобально для пользователя со всеми вытекающими, а не конкретно для этой утилиты, оно вам надо??