[Nordek]

а почему ини-файл не изменился после этих манипуляций? »

Что именно должен был AkelPad изменить в файле AkelPad.ini?

Никакой информации от вас. Будем угадывать что вас интересует.

Если вы в "Сохранять настройки" переключили с "INI файл" на "Реестр", то: AkelPad'у работать с файлом AkelPad.ini - нет никакого смысла, поскольку настройки теперь в реестре.

Если по прежнему активна настройка "INI файл", то: AkelPad'у также нечего изменять в AkelPad.ini.
Тем не менее подождите, когда-нибудь что-то измениться.
Если намерено хотите убедиться в работоспособности, то: Измените в настройках что-нибудь, например в "Плагины... (Alt+P)" установите/снимите флажок напротив "Code::CoderFold".

Не смотря на то, что настройки хранятся в AkelPad.ini - AkelPad ведёт историю открытых документов, историю поиска в реестре (HKEY_CURRENT_USER\Software\Akelsoft):

Код:

HKEY_CURRENT_USER\Software\Akelsoft\AkelPad\Recent - Последние файлы
HKEY_CURRENT_USER\Software\Akelsoft\AkelPad\Search - Поиск