[Kvazar]

занимаюсь в ДубМоде версии 1.5.10.1 (билд 2366),

Обнови, самый последний билд - 2439
Он стабилен, проблем с ним нет.

Кстати, в режиме полной обработки дуб работает в 3 раза быстрее

Мы этот вопрос разбирали уже довольно давно. Это утка, скорости у мода и обычного Dub одинаковые. Скорость зависит от кодека, а не как от программы-посредника.

Подумал, что рассинхронизация из-за настроек и перекодировал

Нет, это со звуком проблемы.

Как получить длину ключевых кадров не более 3-4 секунд??

Ключевой кадр всегда имеет длину в 1 фрейм.
Ты ставишь вопрос неправильно.
М.б. тебе надо получить промежуток между ключевыми кадрами не более 3-4 секунд? Тогда уменьшай параметр "max key frames".
Поставь, допустим, 300

Исходя из чего необходимо выбирать параметры квантизеров??

1)
min 4
max 45
Для видео с битрейтами до ~1200
Позволяет лучше контролировать выходной размер файла.

3)
min 2
max 27
Для видео с битрейтами выше ~1500

4)
min 1
max 20
Для видео с битрейтами выше ~2000

а из, скажем, дивХ, то стоит ли сливать в .mkv, ведь звук остается прежним??

Нет, можно в AVI