[Kvazar]

Рекомендую использовать для захвата кодеки, для этого предназначенные и разработанные специально для этих целей. Очень рекомендую кодек HuffYUV. Он бесплатен, весит с гулькин нос и довольно удобен. Выходные файлы будут, конечно, немаленького размера, но таких глюков не должно быть.
Архив с кодеком цепляю к сообщению, благо весит он все 22 килобайта. Пользуйся на здоровье.