[Telepuzik]

А ещё папки почему-то разные. На DC1 C:\Windows\SYSVOL_DFSR\domain »

Это видно выполняли миграцию с NTFRS на DFSR поэтому так папка называется. Я так понимаю данный КД не Вы поднимали?

Этот член ожидает начальной репликации для реплицированной папки SYSVOL Share »

Выполните на первом КД команды dfsrdiag pollad и dfsrdiag syncnow и смотрите в логи на обоих КД что за сообщения будут писаться.
После выполнения команд покажите вывод команды dcdiag /v /a с любого КД.