[olen6]

ИМХО, нужно создать загрузочные файлы на разделе С. Статья дана во втором сообщении. Если не понятно там написано, то выполняйте команду ниже и проверьте, чтобы диск С был активным.
bcdboot c:\windows /L ru-ru /s c: /f bios

[severagent007]

во время установки загрузочная область случайным образом может решить установиться на другой жёсткий диск(отличный от системного)... »

Выбирается диск, с которого будет грузиться пк, в биос. А у вас по списку из всех хдд был первым, не тот, на который ставили ос.
Выставить в биос первым нужный и все, ничего не нужно отключать. На некоторых старых биосах меняется диск выделив его и подняв вверх клавишей page up, или смотреть на странице внизу экрана подсказки.
Тогда можно поставить на два хдд отдельно независимые системы, и менять их, только меняя приоритет (первое место в списке дисков в биосе) или выбирая разово нужный диск через бут меню, вызываемое сразу после старта пк стрельбой по F8, но удобнее получится если загрузчик один, тогда менять системы можно не заходя в биос или не стукая по F8, а просто из виндовс, или выставить тайм аут для выбора систем каждый раз при загрузке пк.

Зачем вообще установщик создает загрузочные области на другом HDD? »

Вы не указали ему это, даже если телепатически он понял, что вы хотите бут файлы на ссд и создал бы там загрузчик, то вы упорно устанавливали бы виндовс, которая после ребута бы просто не грузилась или грузилась бы старая система, т.к пк грузится с указанного в биосе диска, а не со всех сразу, пусть на каждом и есть отдельный загрузчик.