CMD. Работает и с вложенными папками
Код:

@Echo Off
Set "FileIn=Z:\Box_In"
FOR /F "usebackq delims=" %%d IN (`Dir "%FileIn%\[*]*.*" /S /B /A:D 2^>nul^|Sort /R`) DO Call :DirIn "%%d%"
GoTo :Eof
:DirIn
FOR /F "usebackq tokens=2 delims=]" %%i IN ('%~nx1') DO If Not "%%i"=="" (
FOR /F "tokens=*" %%s IN ("%%i") DO Ren %1 "%%s"
)
GoTo :Eof
На всякий случай дополнительно удаляются лидирующие пробелы. Чего не делается — проверки существования папки с новым именем перед переименованием.