[megaloman]

Fometra, ИМХО, Брать в качестве разделителя "_" не слишком хорошая идея. Могу ошибаться, но в логине это допустимый символ. А в пароле тем более, плюс "!" тоже, что может привести к неприятностям при работе батника.
Предлагаю взять разделителем пробел.
Для строки вида:
192.168.125.15 User Tra La La

Код:

@Echo Off
Set "FileIn=Z:\Box_In\1.txt"
Set "FileLog=Z:\Box_Out\Results.txt"

FOR /F "usebackq tokens=1,2* delims= " %%A IN ("%FileIn%") DO Call :Connect "%%A" "%%B" "%%C"
GoTo :Eof

:Connect
	cmdkey /generic:TERMSRV/%~1 /user:%~2 /pass:%~3
	mstsc.exe /v %~1
	set /p text="COMMENT: "
	Echo %Date% %Time% %~1 %~2 %~3 %text%>>"%FileLog%" 
Pause
GoTo :Eof