[gannet]

1. При общении с NAS по сети без разницы, какая там файловая система, но опасения потерять линукс при апргейде windows, конечно, напрягают
2. bootrec /fixboot имеет только одно назначение - исправить загрузочный код раздела с Windows, команда едва ли будет вам полезна
3. раз уж собираетесь использовать дуалбут с возможностью апгрейда ОС, позаботьтесь о том, чтобы ваша таблица раделов соответствовала рекомендуемой (если у вас uefi, разделы с убунту в конце), тогда windows не придется перелопачивать их заново.
4. Мне с трудом верится, что апгрейдер windows мог затереть линуксовый раздел, скорее, он просто назначил себя по умолчанию, оставив grub дожидаться, пока его восстановят в правах в случае с mbr/legacy соответствующей командой с Livecd или выберут по умолчанию в биосе в случае с gpt/uefi.
5. Ставьте линукс! Если после осеннего апргрейда возникнут вопросы, уверен, их можно будет решить без кардинальных мер. И если будете их задавать, то не забудьте предоставить информацию из шапки темы, чтобы разговор был предметным и своевременным