[Iska]

Какова глобальная цель?

1. «соединить несколько текстовых файлов в один» — зачем?
2. «второй bat, который сможет их разделить» — каким макаром? Чтобы разделять нужен разделитель, причём заведомо уникальный. В приведённом коде видно, что используется пара символов ограничителей []. Какова гарантия, что они не встретятся в содержимом файлов?
3. «создавая подкаталоги» — ?! Вы хотели сказать, что файлы, слитые из подкаталогов, должны восстанавливаться в такую же структуру каталогов, так?

У меня файлы в кодировке UCS-2 LE BOM »

Пакетные файлы не особо гожи для этого. WSH/PoSH.

Главный вопрос после прочтения изложенного — зачем Вы изобретаете велосипед? К чему эти слияния-извлечения (см. вопрос в начале сообщения)? Если только для указанного — возьмите 7-Zip/WinRAR и пользуйте.