[dislike]

они все одинаковые по названию, но одни (.avi), а другие (.MP4) »

И в чем сложность? Отсортируйте их по имени. Файлы с одинаковыми именами лягут рядом друг с другом (для удобства переключите вид на "список"). Выцепляете их и сносите. Вдумчиво прочесать всю папку минут 10 наверное займет - гораздо быстрее, чем искать автоматику, а потом ещё перепроверять за автоматикой.
А если вы уверены, что у каждого файла гарантированно есть клон, то ещё проще. Ищете в целевой папке поиском все файлы по маске *.mp4 например и скопом удаляете. Avi останутся. Или наоборот.