[megaloman]

Код:

@Echo Off

Set "BoxIn=Z:\Folder 1" 

Set Exclude="Folder 5" "Folder 7"

Del /Q "%BoxIn%\*.*"
FOR /D %%f IN ("%BoxIn%\*.*") DO Call :Purgen "%%f"
GoTo :Eof

:Purgen
	FOR %%d IN (%Exclude%) DO If /I %%d=="%~nx1" GoTo :Eof
	Pushd %1&& (Rd %1 /S /Q 2>nul &Popd)
GoTo :Eof

В "Folder 1" имеются куча папок. Они очистятся все, кроме папок указанных в списке Exclude. В списке может быть много исключений. В корне "Folder 1" удаляются все файлы.