[CyraxZ]

Выставлять иконку консоли При активации этой опции Фар будет сам устанавливать иконку своего окна, используя при этом встроенную иконку. Если эта опция не активна, то с помощью свойств запуска Фара можно установить любую желаемую иконку.

Отлично. Оно самое.
Первый вопрос + первый ответ (про Far Manager) можно продублировать в раздел, посвящённый Far Manager, коли уж решение касается именно Far Manager, а не ОС.

Хотите больше информации - используйте более продвинутые утилиты.

Т.е. средствами ОС (без ковыряний в реестре) нельзя ни дать соответствующий значок пункту автозагрузки, ни нормальное имя (соответствующее ярлыку) ?