[Kvazar]

Давайте посмотрим на проблему с другой стороны. Почему бы не лечить проблему в корне, а не бороться с последствиями? Какой-то компонент вашего компьютера дает сбой.
Опишите конфигурацию PC.
Разогнан ли он? Какая температура процессора? Превышает ли она допустимую при кодировании? Оставляя компьютер на ночь, вы закрываете комнату? Если да, то температура в пике не превышает установленную производителем максимально допустимую?

Погоняйте тесты, тщательно протестируйте память, нет ли сбоев.
Какая, кстати, версия Windows?

В иделе нужно добиться от железа многосуточной стабильности. Т.е. что-бы он мог работать недели напролет под полной нагрузкой. В этом плане разгон - имхо враг человека, занимающегося видеокдингом, т.к. снижает стабильность железа.