[bredych]

собсно уже подсказали. Решение было на поверхности, но я почему-то думал, что здесь не сработает:
Знак процентов заскринивается вторым им же. Тогда параметр %04d передаётся ффмпегу, а не обрабатывается согласно бат-синтаксису как переменная %0 ака имя исполняемого файла.

зы, если б умел писать на чем-то вменяемом - писал бы