[megaloman]

Вот вариант решения

Код:

@Echo OFF
cls

Set "FileIn=Z:\Box_In\file.txt"

SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion

Set /A nAll=0
Set /A nName=0
Set "Str="

For /F "usebackq tokens=*" %%s In (`More +1 "%FileIn%" 2^>nul^|Sort`) Do (
	If /I Not "!Str!"=="%%s" (
		Set /A nName+=1
		Set "Str=%%s"
		Set /A n!nName!=0
		Set "Name!nName!=%%s"
	)
	Set /A nAll+=1
	Set /A n!nName!+=1
)

Set "OutStr="
FOR /L %%i IN (1,1,%nName%) DO Call :Out "Name%%i" "n%%i"

Echo %OutStr%

pause
GoTo :Eof

:Out
	Call Set "Name=%%%~1%%"
	Call Set "n=%%%~2%%"
	Set /A Percent=((n*10000)/nAll+50)/100
	Set "OutStr=%OutStr% --^>%Percent%%% - %Name%"
GoTo :Eof

Не нашел ничего общего между файлом base.txt в представленном base.rar и анонсированном тексте в самом вопросе
Обрабатывал файл, где первой строкой идет строка
==Folders==
Я её пропускаю.
И далее
File1.exe
File1.exe
File2.exe
File2.exe
File1.exe
File3.exe
File1.exe
File2.exe
File4.exe
File1.exe

Есть пробелы, нет - не важно.