[Iska]

затем, что vbs не видит WPI, там файлы bat,cmd,exe »

Выбирайте exe. Конкретно — %SystemRoot%\System32\wscript.exe (cscript.exe). Аргументом к нему указываете путь к скрипту .vbs.

Ярлыки на корпоративные программы (web-программы, т.е. сайты), у пользователей должны быть ссылки на определенные сайты на рабочем столе, у всех разные, но есть и одинаковые, задал в WPI вместе с установкой таких прог как офис и добавление ярлыков и усё. »

Предпочтения групповой политики не думали использовать для подобных корпоративных вещей? А также, через групповую политику, развёртывание Office и прочих приложений.