[Jula0071]

Посоветовали использовать auditd. Но толку с этим демоном дать не могу. »

Прок от подобного софта есть, когда он установлен до атаки. А сейчас поздно метаться, остаётся только кропотливо искать точку или точки заражения. Которые наверняка во множестве, если используются популярные CMS, а обслуживаются как обычно, то есть никак. Китайцы их ломают на автомате и подсаживают всякую дрянь в один момент.

Ну можете антивирусом пройтись (clamav), rkhunter/lynis тоже может помочь. Если используете какую-либо систему управления хостингом (типа cPanel), то для них есть секьюрити плагины.