SilentSpider

Для начала - как и на каком этапе была изменена частота кадров? Далее - необязательный комментарий - если звук столь важен, то лучше его оставить неизменным в AC3, чем кодировать в mp3 - на столь высоких битрейтах разница в объеме будет невелика, а лишние перекодировки только снижают качество. Для подавляющего большинства фильмов достаточно 128 или даже 96, если это не музыкальный фильм.
По всему похоже, что частота кадров некорректно изменена. В общем - больше подробностей про этап рипа и до начала кодирования видео. Как снималось с диска, как обрабатывалось, что делалось с видео. Я не в курсе работы с Flask, но общие принципы сохраняются, так что поможем