[x0r]

ну в AHCI помойму Вика и незаработает. А запись и будет долгой, этож не та запись что ты видишь из ОС на файл. системе. Там пишется по другому сектора. Особой разницы думаю не будет, что под виндой что из ДОС.
Но лучше ничего вообще не делать. Если винт не стучит, не глючит, то затирать его принудительно кагбе тупо. будет плохой сектор, автоматика винта его скроет сама. А данные в Вике не всегда точные прям до идеала. Может тоже брехать.

И какую разрядность запускаемой WINPE лучше выбирать - 32 или 64? »

32 ибо Вика для x64 делали уже патчингом. она работает, но хз.