[mwz]

Очень долго загружался <...> Индикатор на системном блоке HDD в постоянной нагрузке »

Признаки очень уж схожи с признаками перестроения (rebuild) RAID после рассинхронизации дисков. При трёхтерабайтниках процесс может идти часов восемь, а то и более.

На каком контроллере собран RAID-1? Если это набортный контроллер Intel — ставили ли вы графическую оболочку контроля и управления RAID (она же — IRST)? Эта оболочка выводит в системную область (трей) состояние RAID: Нормально — Деградировал — Перестроение — Проблемы с одним из дисков.