[x0r]

Я просто не пойму, мне что, все от имени администратора теперь запускать? »

Ты действительно не понимаешь. Ну поставил ты его от имени одмина, но запускаешь то ты его из-под юзера. Твой Администратор это не тот Администратор, винда тебя и другие программы дурит.
Far это файловый манагер и ему нужен полный доступ к дискам и + ты ему сказал настройки в себя писать. А винда его рубит, не давая писать к себе, ибо в %PROGRAMFILES% для папок установлены и наследуются права... долго объяснять. Короче, не хочешь переносить папку с Far3 в другое место - убери у нее наследование прав и поставь своему юзеру "Администратору" полные права на эту папку и ее подпапки и заработает.