vk_k14m@vk, никакой скрипт Вам не нужен. Только понадобится Вам для этого не Total Commander, а Far Manager (
Far Manager Official Site : загрузить). Загружаете стабильную сборку msi соответствующей разрядности, устанавливаете в полном объёме, переключаете на русский язык (F9, Options, Languages). Запускаете, переходите на одной панели в исходный каталог, на другой — в целевой:
Находясь в исходном каталоге, выделяете все папки и файлы посредством CtrlMultiply (Ctrl+Серая звёздочка), нажимаете AltF6 для создания жёстких ссылок:
В диалоговом окне «Ссылка» 1) устанавливаете параметр «[x] Использовать фильтр», после чего 2) нажимаете кнопку «[ Фильтр ]»:
В диалоговом окне «Меню фильтров» нажимаете клавишу Ins (Insert), дабы добавить новый фильтр:
В диалоговом окне «Фильтр» задаёте 1) какое-нибудь имя фильтра в поле «Имя фильтра:», 2) устанавливаете (если уже не установлен) параметр «[x] Маска:» и 3) задаёте в этом же поле маску файлов в виде «*.jpg*», после чего 4) нажимаете «{ OK }»:
После возвращения в диалоговое окно «Меню фильтров» помечаем наш новосозданный фильтр пробелом или плюсом:
Должно получиться наподобие:
После этого мы закрываем диалоговое окно «Меню фильтров» нажатием Enter и возвращаемся в диалоговое окно «Ссылка». В нём нам осталось нажать «{ Создать ссылку }» (или сочетание клавиш CtrlEnter).
Как видно:
в целевой панели были созданы папки, аналогичные находящимся в исходном каталоге. На находящиеся в исходном каталоге (и вложенных в неё папках) файлы, попадающие под заданную нами маску, были созданы жёсткие ссылки в целевом каталоге:
Файлы, не попадающие под маску, так и остались выделены в исходном каталоге (в примере — это файл «0001.txt»). Можно снять с них выделение по маске, нажав Subtract (Серый минус).
Теперь нажимаем Tab для перехода в целевую папку и AltF7 для вызова диалогового окна поиска. В этом окне указываем 1) маску, 2) область поиска и 3) нажимаем кнопку «{ Искать }»:
После того, как все файлы 1) будут найдены, нажимаем кнопку «[ Панель ]»:
Используя клавишу Add (Серый плюс), выделяем все найденные файлы, затем нажимаем F6, задаём 1) маску для переименования и 2) нажимаем «{ Переименовать }»:
Готово!
Когда Вам потребуется «обновить» целевую папку новыми файлами — Вы просто выделяете всё её содержимое и удаляете напрямую, минуя Корзину. Затем повторяете описанные операции (если сохраните конфигурацию — заново создавать фильтр не потребуется).
Update: Хах, самое главное забыл — переименование 
. Добавил и кое-что поправил.
