[boss911]

если новое обновление заменяет старое, то старое обновление не удалится? »

Запись в апплете деинсталляций может и остаться (в разных случаях по-разному, но обычно/должно удаляться), но файлы и/или реестр точно обновляются и новое обновление обязано прописаться в апплет деинсталляции, при корректной установке нового обновления поверх старого/заменяемого. Установка нового обновления поверх старого/заменяемого это стандартная ситуация.

Попробуйте установить новую версию сборки поверх старой, после чего (желательно после перезагрузки компьютера) сверьте список версий .NET Framework и его обновлений с тем, что указано в описании моей сборки, должно все совпасть. Если не совпадет, можете смело сделать /CLEAN и снова установить новую версию сборки.