[Angry Demon]

стандартный кулер CoolerMaster CP6-9HDSA-0L-GP с двухконтактным разъемом

Вообще-то, он всю жизнь был 3-пиновым.

Разъем питания для кулера на материнке трехконтактный, мой вентилятор двухконтактный

У вас какая-то подделка. Или тупо заменён вентиллятор. А на материнке гнездо 4-пиновое.

в биосе в разделе управления вентилятором поигрался с настройками

Попробуйте выставить режим работы процессорного вентилятора "Power". Попробуйте также запускать его от гнезд корпусных вентилляторов.

Посоветуйте что можно предпринять

Заменить вентиллятор на нормальный.