[Iska]

Вообщем создал инсталятор которые распаковывает приложение в определенную папку. »

Чем именно создавали?

добавлял в тестовый фаил нужные строчки, при этом не трогая остальную часть файла. »

Образец реального файла упакуйте в архив, каковой приложите к сообщению.

Конфигурационный файл выглядит примерно так(маленькая часть): »

Этого недостаточно. Сделайте то, что я прошу в предыдущем абзаце.

т.е. новые параметры »

Какие именно «новые параметры»?

Подскажите каким способом это можно реализовать? »

Надо полагать, конфигурационный файл — это xml-файл. Посему проще и надёжнее всего будет использовать WSH или PoSH (в случае отсутствия систем на XP и ниже).