[Ж.Д.А.Л.К.Е.Р.]

Я делал флешку с помощью WinSetupFromUSB 1,7 »

Вот с этого и надо было начинать, я же думал образы из этого рецепта (где каждая ОС полностью в ISO и просто меняем их/удаляем).
WinSetupFromUSB для Хр/2003 создает мини загрузочный образ + каталог с распакованным образом, а в Vista и старше копирует полностью образ + часть файлов (100-250Мб) потом копирует из ISO чтоб они его запустили. В итоге получаем что заменить самому образ нельзя, только через WinSetupFromUSB добавить, а удалить только ручками (на сколько я помню в программе нет опции удаление ранее добавленной ОС) разобравшись какие именно файлы и папки относятся к ненужному дистрибутиву.

И как при етом убрать запись о образе с загружчика? »

Смотри в menu.lst или других lst файлах, правиться блокнотом.