[Elven]

Код:

  if not "%errorlevel%" == "0"

скорей всего здесь, хотя сказать наверняка не могу. если мое предположение верно, то дело не в файлах, а в их доступности. errorlevel у FC может принимать три значения; если 0 - файлы равны, если 1 - не равны, если 2 - файл недоступен, возможно периодически конкретно эти файлы заняты чем-то еще, что порождает такую ошибку. однако, повторюсь, это только предположение. и коллега Iska категорически прав, какой-нибудь бэкапящий софт решает проблему. если же уперлись именно в cmd/bat можно посмотреть robocopy, возможно поигравшись с ключами получится добиться именно того, что нужно.