[alpap]

composter,
а обязательно списки нужны или чисто операции с файлами?

Код:

@echo off
set "d1=papka1"
set "d2=papka2"
for /f "delims=" %%a in ('dir/a-d/b "%d1%"') do if not exist "%d2%\%%a" echo copy ^(Копируем недостающие^) "%d1%\%%a" в "%d2%\"
echo Удаляем все совпадающие по имени файлы:
for /f "delims=" %%a in ('dir/a-d/b "%d2%"') do echo del "%d1%\%%a"
pause

.