[gannet]

В чем причина может быть »

Очевидно, БИОС передает загрузку не тому устройству, которому надо. Это может быть как флешка, так и другой диск

выбран первым по порядку »

Где? Что-то я в руководстве к вашей плате не вижу возможности изменить порядок загрузки HDD, кроме как установить 1-й диск в SATA1, ибо в меню boot device priority как будто указывается только тип (Removable\hard disk) - здесь выставите Hard Disk и отключите флешку, если вставлена. Проверьте, нет ли в новой версии пункта Hard Disk Priorities.
Попробуйте отключить quick boot в Boot Settings. В Advanced проверьте, что в NVRaid Configuration нигде не стоит Raid, а JMicron SATA Controller выставлено Enabled. После попробуйте загрузиться в обычном режиме или зайти в загрузочное меню по F8-F12(не знаю, какая сработает на ASUS), клацая их во время включения компьютера и вручную выбрать нужный диск.