[mwz]

ОС я переустановил в диск С ( Что очевидно) »

Это очевидно вам. Но я не это имел в виду:
Диск форматировали?

Скрытые файлы и папки этой программой так же находятся в папке находящийся на диске D »

Это ниоткуда не следует. Папка, куда установлена программа, не обязана содержать скрываемые этой программой папки. Или вы точно делали такую настройку вручную при первой установке, в старой системе?

Ну а содержимого той папки, внутри которой, как вы считаете, хранились скрытые папки, я так и не увидел.