[megaloman]

Файла запроса имеет вид 1234.req

Он всегда имеет имя 1234.req, или следующий будет, например, 1235.reg. То есть, имя файла запроса уникально или каждый раз это имя неизменно? Или, если это имя неизменно, можно ли его при перемещении для программы обработки переименовать? И при этом программа обработки как наименует ответный файл: с новым именем или со старым?

Давайте пошагово уточним прохождение файлов. Попытаюсь, частично цитируя Ваше пояснение, уточнить описание процесса.
Запрос 1234.reg приходит в каталог req_dir.
Каждые 2 минуты задание перемещает 1234.req для обработки батником (условно назовём kuku.bat) командой move. Куда? В некий каталог обработчика (условно InSoft)?? Кто удаляет файл 1234.req из InSoft?
В папку cert_dir (это выходная папка обработчика?) должен прийти файл 1234.cer
То же задание (какое? kuku.bat ?) перемещает в файл ответа (Куда?) из папки cert_dir.
Сделайте детальное описание каждого шага, чтобы не надо было ничего домысливать.