khasia, примерно ясно. Вот как он выглядит в реальности:
И, видимо, поэтому на этапе экспорта C-шные функции работы со строкой воспринимают эти данные как свои escape-последовательности (конец строки в формате Windows из пары символов CrLf) и пишут их в экспортируемый файл. Обратного же преобразования в escape-последовательности, естественно, не производится.
Предлагаю два варианта:
1. Использовать формат кустов — уже знакомый Вам:
Код:

reg.exe save "Путь к подразделу" "Файл.hiv"
для экспорта куста и:
Код:

reg.exe restore "Путь к подразделу" "Файл.hiv"
для импорта. Не так наглядно, но работает.
2. Учитывая тот факт, что по стандарту xml должен быть индифферентен к пробельным символам (теоретически
должен, на практике же всё зависит от конкретного парсера xml), попробовать в полученном путём экспорта файле реестра .reg (reg.exe export) «ручками» убрать все концы строк, дабы получилась
одна строка, наподобие (на путь к подразделу не смотрите — это пример, у Вас путь будет свой):
Код:

Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CURRENT_USER\Sample]
"LicenseCertificate"="<?xml version=\"1.0\" encoding=\"utf-16\"?><LicenseCertificate version=\"2\" publisher=\"Spoon\"> <LicenseType>Retail</LicenseType> <LicenseModel>Site</LicenseModel> <ProductCode>ALL</ProductCode> <LicenseeName>LineZer0</LicenseeName> <Account>LineZer0</Account> <Signature> b741fb7157f38cbdfbe9e41faa55d72b aba67d350ec7f2ba38236a01e06476f1 f4d6e184a49ce6716162935d2768aed3 e583afcf7f8b59be415c57898dca0d67 289c342633b590bb2b342f97e92872e8 6de1434c9e84d6757638786e5abf24cd e6394692e1012b93e517b27d38721c94 dac5c0964a6d6b63826e314dd0dbe41d </Signature></LicenseCertificate>"
Затем сделайте резервную копию в виде экспорта
куста реестра путём вышеприведённой команды reg.exe save …, затем попробуйте импортировать отредактированный файл реестра .reg. Затем попробуйте запустить приложение/приложения, которые работают с данным параметром реестра, и посмотреть, всё ли будет в порядке. Если всё будет нормально — значит второй путь также годится к использованию.
Есть и ещё один вариант, связанный опять же с ручной подстановкой \r\n в экспортированный файл реестра, но есть подозрение, что при попытке импорта наступим на те же грабли. Посему пока даже не проверял сие.