[Shpionus]

Там одно дело перенесение папки, и второе записи в реестре.

Это не просто папки, эти папки прописаны в реестре, и система автоматом направляет туда пользовательские приложения, игры, а так-же отображает в папках профиля, и библиотеках профиля.

Сверьте эти записи:

Код:

[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders]
"{374DE290-123F-4565-9164-39C4925E467B}"="D:\\Downloads"

[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders]
"{374DE290-123F-4565-9164-39C4925E467B}"=hex(2):44,00,3a,00,5c,00,44,00,6f,00,\
  77,00,6e,00,6c,00,6f,00,61,00,64,00,73,00,00,00

Также заметьте, что в исходном местоположении C:\Users\%username%\ их уже не должно быть физически.
Но прежде чем удалять их из исходного местоположения, необходимо сделать правку в реестре, чтобы система не "мониторила" их.
Если система не найдёт эти папки, то может перестать запускаться Проводник.