[megaloman]

tarakan1983, Имеем 2 бат-файла.
Первый неизменный качает с фтп имеющийся там второй батник на место имеющегося и запускает его на выполнение.
Не думаю, что батник настолько большой, чтобы заморачиваться на время его закачки.
Если очень хочется, в комментарии батника пусть писатель пишет его версию.
Как вариант, пусть первый батник качает каждый раз второй батник с фтп в отдельную папку, сравнивает имеющийся батник с пришедшим (comp), если различий не найдено, скаченный файл убиваем, в противном случае перемещаем имеющийся файл в архивную папку, при этом после его расширения приделываем его дату создания или изменения, например: батник.bat.20160925, при этом его случайно на запуск не отошлёшь, а восстановить старый - без проблем. Выкачанный перемещаем на место старого.
Если нет выкачанного файла - используем старый.