[Elven]

Странная какая-то задача, но...

Код:

pushd d:\test
for /f "delims=" %%i in ('dir .\ /a:d /b') do (
if exist "%%i\folder1" rd /s /q "%%i\folder1"
if exist "%%i\folder3" rd /s /q "%%i\folder3"
)
popd

Примерно так.
Если в названии папок присутствуют кирилические символы cmd\bat сохранять в 866 кодировке