[GhostDragon]

1. При установке Linux при выборе самостоятельного варианта будет возможность выбрать второй диск для установки Linux »

Да.

2. При перезагрузке пк будет возможность выбора системы windows linux для дальнейшего запуска, или каждый раз придется в биосе переопределять жесткий hdd »

Да.
Но кстати я эту возможность не использую, и GRUB ставлю на линуховый винт, так как "второй винт" у меня сменный и на нем живут разные дистрибутивы. А на 1-м винте стоит стандартный виндовый загрузчик, который о всяких там линуксах даже и не подохревает.