[Iska]

создает первоначальный файл, паузи добавил для отладки переходов. cd %sourc% copy /y "Bookmarks" "%bak%" pause »

Не сменяет каталог и не копирует файл. Вы по-прежнему пытаетесь использовать несколько команд в одной строке, причём некорректным образом. Вся разница в том, что раньше их было три, теперь — две.

if not exist "%bak%\Bookmarks" goto bak1 else goto bak2 не лишние. без этой проверки …»

Не передёргивайте. Код был другой, и мои слова касались именно его.