[Iska]

Первая - папка пуста (на скрине этого не видно, но это так), отображение скрытых файлов включено. Она пуста! »

Я не был бы столь уверен. Файл desktop.ini имеет атрибуты Архивный, Скрытый и Системный. Другое дело, что его размер обычно намного меньше.

Второй скриншот - результат копирования из одной папки в соседнюю (в пределах одного раздела) - некоторые файлы стали только для чтения? »

Судя по скриншоту — не «некоторые файлы», а одна папка (которая была выделена). Для папки данный флажок не имеет того же значения, что для файлов.

И почему "на диске" размер разный, если сам по себе он одинаков? Какой из этих параметров важнее? Волноваться или нет? В чем разница? »

1. Проводник вообще имеет проблемы с отображением этого параметра. В каких-то новых версиях ОС сие пытались поправлять хотя бы частично.
2. Оба параметра имеют значение в разных сценариях.
3. Волноваться не надо.
4. Разница в том, что первое значение — простая сумма размеров, второе — место, занимаемое кластерами на диске, выделенными под данные файлы.

Третий скриншот - наоборот. Файлы одинаковые, количество их вроде бы совпадает "на глаз". Но не на свойства файла. »

Выделите разницу цветом. Что-то не воспринимаю.