Нашёл причину дефрагментации автозагрузки. В реестре HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Dfrg\BootOptimizeFunction не было параметр
Enable со значением
N https://www.outsidethebox.ms/11251/#BootOptimizeFunction. В настройках
TuneUp Utilities 2012 была включена дефрагментация файлов автозагрузки.
