LIM, я лично вижу батник Tweaks.reg таким:
Код:

@ECHO OFF
SETLOCAL ENABLEEXTENSIONS
PUSHD "%~dp0"
REGEDIT /s "HKLM.reg"
REGEDIT /s "HKCU.reg"
IF NOT EXIST "%SystemRoot%\Temp\" MD "%SystemRoot%\Temp"
COPY "HKCU.reg" "%SystemRoot%\Temp\HKCU.reg"
REG ADD "HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce" /V Tweaks_1 /D "REGEDIT /S %SystemRoot%\Temp\HKCU.reg"
REG ADD "HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce" /V Tweaks_2 /D "CMD /C DEL /Q /F %SystemRoot%\Temp\HKCU.reg"
POPD
EXIT
Во-первых, в этом случае твики из "HKCU.reg" так же вносятся на T13 к профилю пользователя по-умолчанию (а значит и ко всем новосозданным).
Во-вторых, избавились от %CDROM% и добывания его пути из конфига. В-третьих, в RunOnce занесён правильный файл.