Вот добавил в код проверки:
Код:

#include <WinAPIProc.au3>
HotKeySet("+{NUMPADADD}", "_Chrome")
_Chrome()
While 1
Sleep(100)
WEnd
Func _Chrome()
If ProcessExists('chrome.exe')<>0 Then
Local $aData = _WinAPI_EnumProcessWindows(ProcessExists('chrome.exe'))
$Data1=WinActivate($aData[1][0])
If $Data1<>0 Then
ControlSend($Data1, "", "", "{F11}")
Else
$Data2=WinWaitActive($Data1)
ControlSend($Data2, "", "", "{F11}")
EndIf
ElseIf ProcessExists('chrome.exe')=0 Then
MsgBox(0, "", "Запустить Хром и т.д.")
EndIf
EndFunc
Все равно функция работает нестабильно.
Да и вопрос стоял изначально в том, чтобы не высылать эмуляцию нажатия "F11" в окно, а решить это другим способом.