[El Scorpio]

Можно ли установить какой ни будь линукс убунту (буду благодарен если посоветуете какой сегодня актуален), »

Debian 64-bit последней стабильной версии (у вас же 4 Гб или около того)
При наличии двух дисков объедините их в программный RAID (MDAMD)
Обязательно сделайте пустой раздел для дальнейшего создания хранилища виртуальных жёстких дисков в LVM

в нём установить виртуалку (тоже нуждаюсь в совете какая лучше) »

Proxmox последней стабильной версии
Бесплатная. Удобный вёб-интерфейс. Простая инструкция о том,*как установить Proxmox на Debian.

и на ней поднять 2008 R2 SP1 Standard. »

Можете - но только лицензионную

- И если это можно сделать, спасёт ли это от ответственности за нелицензионный виндовс (фактически получается что на железе установлена бесплатная ОС, или этого не достаточно ?) »

Установка и использование Windows Server в любом случае требует наличия действующей лицензии на компьютере. И*наличие промежуточной виртуальной машины на это никак не влияет.
Тем более,*что текст лицензионного соглашения Windows на Windows 2008 содержит отдельный раздел, описывающий использование системы в виртуальной среде.

Так что или выбивайте деньги на серверную лицензию и лицензии клиентского доступа для каждого компьютера или пользователя, или читайте документацию о том,*как организовать сервер на базе Linux. Сейчас на линуксе можно сделать даже полноценный контроллер домена.